La reserva, de 859.3 hectáreas, está formada por tres islas: la isla Chañaral de Aceituno, frente a la Caleta Chañaral, en el límite sur de la Región de Atacama, y las islas Damas y Choros en el límite norte de la Región de Coquimbo. Isla Damas es el único lugar habilitado para hacer camping o picnic y para acceder a ella hay que contratar los servicios de los pescadores de la cercana caleta de Punta de Choros.

La Reserva Nacional Pinguino Humboldt tiene una superficie de 5,1 km² en la Región de Atacama (Isla Chañaral de Aceituno).  En ella hay registradas 22 especies de plantas nativas. En categorías de amenaza se encuentra 1 especie Vulnerable.