El Parque Nacional está ubicado en las comunas de Copiapó y Tierra Amarilla, y tiene una superficie de 526,8 km². Actualmente este Parque esta conformado por dos unidades. El sector Nº 1 comprende el extremo sur del salar de Maricunga, la Laguna Santa Rosa y una parte del curso del Río Lamas y posee una superficie de 405,2 km². El sector Nº 2 comprende la laguna del Negro Francisco y la desembocadura del Río Astaburuaga, con una superficie de 121,7 km².

El Parque Nacional Nevado de Tres Cruces tiene registradas 48 especies de plantas nativas. En categorías de amenaza se encuentra 1 especie En Peligro.