El Parque Nacional Pan de Azúcar tiene una superficie total de 437,2 km², repartidas en 129,6 km² en la Región de Antofagasta  (comuna de Taltal) y 307,6 km² en la Región de Atacama (comuna de Chañaral). La administración del Parque se encuentra localizada en Caleta Pan de Azúcar, a 29 km del Puerto de Chañaral y a 10 km de la entrada al Parque Nacional.

El Parque Nacional Pan de Azúcar en la Región de Atacama tiene registradas 192 especies de plantas nativas. En categorías de amenaza se encuentran 7 especies En Peligro y 18 Vulnerables.